Evaluación del desequilibrio gamético dependiente de marcador en el brazo corto de cromosoma 11 humano. Estudio de asociación con la otosclerosis

Abstract

La información del desequilibrio gamético (DG) de background es relevante para la realización de un correcto diseño e interpretación de los estudios de localización de genes de enfermedades mediante DG. Estos estudios se han realizado mediante marcadores genéticos con dinámicas evolutivas diferentes como son los SNPs y los microsatélites. Por lo tanto, la cuantificación del DG puede verse perturbada por la existencia de DG dependiente de marcador, de manera que se requiere averiguar qué fracción del DG de background es debida a las características propias de cada marcador. En el presente trabajo se ha realizado una evaluación del DG dependiente de marcador con 18 SNPs y 22 microsatélites localizados a lo largo de una extensa región anónima del genoma humano, como es el brazo corto del cromosoma 11. El DG se comparó entre pares de SNPs y entre pares de microsatélites. El DG entre pares de microsatélites reveló un patrón de DG dependiente de la frecuencia y tamaño de los alelos implicados. Este patrón de DG dependiente de alelo confirma resultados previos obtenidos en las regiones cromosómicas 11p15 y Zq25-28, y presenta una explicación basada en la alta tasa y compleja dinámica mutacional de los microsatélites. El DG se extiende hasta distancias muy inferiores entre pares de SNPs que entre pares de microsatélites. Así, la mayoría de los pares de SNPs en DG están separados por menos de 0,5 cM. Sin embargo, la distancia entre pares de microsatélites en DG es próxima a la segregación independiente (42 cM). Además, la relación de la intensidad del DG son la frecuencia de recombinación entre pares de microsatélites en DG con la frecuencia de recombinación entre pares de SNPs sigue una correlación negativa significativa. Por el contrario, esta tendencia no se observa entre pares de microsatélites parece ser el principal factor determinante para las diferencias observadas en los patrones de DG con uno y