Desarrollo de una estrategia para diagnosticar y pronosticar todas las enfermedades renales hereditarias

Resumen

Las enfermedades renales hereditarias se pueden clasifican en tres grandes grupos: las enfermedades asociadas a la formación de quistes en el riñón (enfermedad poliquística renal); las enfermedades que dañan la filtración glomerular (enfermedad glomerular); y las enfermedades que causan alteración de la función tubular y/o afectan el intersticio (enfermedad túbulo-intersticial). Hasta el momento, el diagnóstico de estas enfermedades se hacía utilizando los parámetros clínicos. Con el descubrimiento de los genes asociados a estas patologías, el análisis genético ha empezado a ser utilizado como una herramienta útil en el diagnóstico certero, con la capacidad de anticiparse a la aparición y definir un posible pronóstico de la enfermedad. La secuenciación Sanger ha sido el método tradicional y más fiable utilizado hasta el momento, pero con la aparición de la secuenciación de nueva generación (en inglês, Next Generation Sequencing ¿ sus siglas NGS) se ha mejorado significativamente en la reducción de tiempo, precio y eficiencia el diagnóstico. En esta tesis describimos el desarrollo de la primera estrategia conocida para diagnóstico y pronóstico genético y su aplicación en la clínica diaria. Basándonos en cómo clasifica un nefrólogo en su consulta diaria a sus enfermos (enfermo poliquístico, glomerular o tubulo/intesticial), hemos diseñado y generado paneles que incluyen todos y cada uno de los genes conocidos hasta el momento, agrupándolos en función de la patología y su prevalencia en la población, y tomar así ventaja de las nuevas técnicas de NGS para el secuenciado de genes. Para la enfermedad quística renal hereditaria creamos 2 paneles: un panel con los 8 genes asociados a las formas más común de esta enfermedad en la población y uno con los 72 genes asociados con la forma común, rara y ultra-rara de esta enfermedad. El panel de enfermedad glomerular hereditaria incluye los 26 genes y el de enfermedad túbulo-intersticial hereditaria incluye los 36 genes. El desarrollo de una estrategia de secuenciación NGS mediante amplicones nos permitió secuenciar el gen PKD1 evitando los pseudogenes. Creamos también una base de datos de fácil interpretación con todas las variantes descritas en los genes asociados a poliquistosis renal autosómica dominante (ADPKD) y autosómica recesiva (ARPKD). Con la aplicación del nuevo algoritmo Cadd-score conseguimos reclasificar las variantes de significado incierto. Estos tests nos permitieron diagnosticar y pronosticar enfermedades en los pacientes pero también descubrir correlaciones genotipo/fenotipo e identificar casos de interacción genética. Por ser una estrategia eficaz y coste-eficiente creamos la primera unidad de análisis genético para todas las enfermedades renales hereditarias conocida como NEFROCHUS.