Exploración de la secuenciación de nueva generación en pacientes con enfermedades neurodegenerativas raras sin filiar

Resumo

Las nuevas tecnologías de ultrasecuenciación se están trasladando de forma rápida desde los laboratorios de investigación a la práctica asistencial. Existen diversas plataformas que permiten realizar el análisis de exomas completos, o bien de varios genes relevantes a una situación clínica determinada. Objetivos: Exploración de la aplicabilidad de NGS para el diagnóstico de enfermedades neurodegenerativas complejas. Secundariamente se evaluaron: la secuenciación dirigida de un panel de genes específico para la Enfermedad de Niemann-Pick tipo C, la ejecución de dos programas de detección de variantes en la plataforma Ion PGM y la secuenciación de exoma completo en pacientes con enfermedades neurodegenerativas multisistema. Desarrollo: Se diseñó un panel de NGS para la plataforma Ion PGM® de 26,3Kb para diez genes, los dos relacionados con la enfermedad de NPC (NPC1, NPC2) y otros ocho que producían fenotipo solapante (PSAP, GBA, GBA2, ATP7A, CYP27A1, HFE, POLG1, APTX) en una serie de pacientes preseleccionados clínicamente según criterios ad hoc con signos clínicos que encajaban con la sospecha. Por otra parte, se estudiaron los exomas de cuatro familias con fenotipo neurodegenerativo multisistema sin filiar a través de diferentes ensayos de NGS que se llevaron a cabo en diferentes plataformas. Resultados: Se identificaron variantes probablemente causales en el 11% de pacientes de la serie, tres fueron positivos para la Enfermedad de Niemann-Pick tipo C y uno para SPG46, ataxia espástica que aún no se había identificado en pacientes en nuestro país. Se encontraron variantes en heterocigosis que podrían contribuir al fenotipo neurológico de sus portadores. En el caso del estudio de los exomas, se obtuvieron diferentes colecciones de variantes para cada paciente. Ninguna de ellas constituía una lista cerrada y definitiva, sino que representaban los hallazgos más interesantes hallados con la aproximación descrita. Conclusiones: El abordaje mediante panel de genes en casos con fenotipos complejos puede ser una aproximación más eficiente cuando la sospecha clínica está dirigida a una categoría sindrómica concreta. Este abordaje reduce el riesgo de hallazgos incidentales. La correcta caracterización clínica de los pacientes estudiados puede afectar al rendimiento diagnóstico. Teniendo en cuenta los signos clínicos de los pacientes identificados en este trabajo, se recomienda la inclusión de la enfermedad de Niemann-Pick C en el diagnóstico diferencial de pacientes adultos con ataxia, trastornos del movimiento y/o enfermedad neuropsiquiátrica de etiología desconocida. En la secuenciación de exoma completo, el diseño y la eficiencia de los protocolos de enriquecimiento y captura, así como la plataforma seleccionada, son elementos determinantes en la cobertura y profundidad de lectura, afectando al flujo de trabajo posterior y poniendo en riesgo la sensibilidad y especificidad del test diagnóstico. Aunque la secuenciación de exoma completo es recomendable en casos en los que la sospecha clínica es amplia, el estudio de pacientes con cuadros neurodegenerativos complejos y con afectación multisistémica supone un reto diagnóstico que requiere una aproximación multidisciplinar y que en ocasiones, puede no llegar a resolverse ni aún a través de la secuenciación del exoma completo en varios miembros de la familia.