Análisis del perfil de metilación CpG del ADN genómico de una población con incongruencia de género

Resumo

A incongruencia de xénero no CIE-11 (Clasificación Internacional de Enfermidades-11) caracterízase por “unha incongruencia persistente entre a experiencia individual de xénero e o sexo asignado ao nacer”. A súa orixe é complexa e multifactorial. Obxectivo: A primeira parte da investigación centrouse na análise retrospectiva da metilación CpG (citosina-fosfato-guanina) do fragmento III (RIII) da rexión promotora do receptor de estróxenos α, nunha poboación de homes e mulleres con incongruencia de xénero, antes vs despois de seis meses de tratamento hormonal de afirmación de xénero (GAHT). A segunda parte da investigación centrouse na análise da metilación global utilizando o BeadChip de metilación de 850K de Illumina© Infinium, antes vs despois de seis meses de GAHT. Material e métodos: A análise do perfil de metilación do RIII realizouse mediante secuenciación por bisulfito en 20 persoas cis xénero e 20 persoas trans xénero. Os ADNs tratáronse con bisulfito, se amplificaron, clonaron e secuenciaron. A análise estatística realizouse co programa QUMA (QUantification tool for Methylation Analysis). A análise global de metilación realizouse en 16 persoas cis xénero e 16 trans xénero antes vs despois de seis meses de GAHT co BeadChip de metilación de 850K de Illumina© Infinium, despois da conversión con bisulfito. Os perfís de metilación analizáronse co programa Partek® Genomics Suite® mediante un ANOVA de 3 vías, comparando as poboacións por grupo, sexo e tratamento. Finalmente realizouse unha análise de enriquecemento co programa Partek® Pathway e a WebGestalt. Resultados: A primeira parte do estudo mostrou (i) que en ambas poboacións (cis e trans), os homes e as mulleres tiñan patróns de metilación do RIII diferentes; (ii) que antes do tratamento GAHT, ambos grupos trans (homes e mulleres) presentaban perfís de metilación intermedios, non coincidentes coas poboacións cis; (iii) que o GAHT modificou o patrón de metilación do RIII cara a perfís máis similares ao xénero correspondente. En canto ao estudo global de metilación, o principal resultado é que as poboacións cis e trans difiren no grao de metilación global antes do tratamento GAHT. Na poboación masculina (segundo a asignación ao nacer), atopáronse 22 illas CpGs que superaron ambos criterios estatísticos (FDR p <0,05; fold change o incremento do cambio ≥ ± 2). Os CpGs máis significativos relacionáronse cos xenes WDR45, SLC6A20, NHLH1, PLEKHA5, UBALD1, SLC37A1, ARL6IP1, GRASP e NCOA6. Respecto a poboación feminina (segundo a asignación ao nacer) atopáronse 2 CpGs que pasaron ambos criterios estatísticos, pero ningún deles estaba situado en illas. Un destes CpGs, o relacionado co xene MPPED2, é compartido por homes e por mulleres trans. A análise de enriquecemento mostrou que estes xenes están involucrados en funcións importantes como a regulación negativa da expresión xénica (GO:0010629), o desenvolvemento do sistema nervioso central (GO:0007417), o desenvolvemento do cerebro (GO:0007420), a unión de ribonucleótidos (GO:0032553) e a unión do ARN (GO:0003723). Ademais, o estudio do metiloma antes vs despois de seis meses de GAHT, revelou un descenso significativo da metilación en ambas poboacións trans. Os homes trans mostraron variacións en 95 illas CpGs, das cales o 72,63% diminuiron no grado de metilación despois do tratamento. Respecto as mulleres trans, seis meses de GAHT modificaron a metilación en 78 illas CpGs, das cales o 85,9% estaban hipometiladas tras o tratamento. Por tanto, en ambas poboacións trans, o GAHT induciu unha redución significativa da metilación.